在不久的将来，一名年轻的网络黑客（基奴李维斯）发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，人们就象他放牧的动物一样。李维斯便在网络上查找关于“矩阵”的一切。后来在一名神秘女郎（嘉丽安莫斯）的引导下见到了黑客组织的首领（劳伦斯费许本），三人一起走上了抗争“矩阵”的征途。
“尼奥，你曾经作过这样的梦吗，你如此肯定的东西是真的吗？你是否能从那样的梦中醒来？你能分辨出梦境与现实世界的区别吗？”
尼奥不顾一切地想追寻“矩阵”的真相－他在梦中总是听到关于它的耳语，这是一种神秘的不可知的东西，他能够肯定地感觉到它不祥地控制着他。
“矩阵是什么？”尼奥不知道，但是他相信默菲，一个传说中的人物，一个被描绘成非常危险的人能够给他答案。
“没有人能够说明白‘矩阵‘是什么，你只有亲自去看。”
尼奥面对着另外一个问题：他就是它吗？当然，虽然不知道为什么，尼奥的答案就是“不是”。默菲的朋友塞弗同意他的观点。而其他人则不那么肯定。
另外，还有人保护“矩阵”，由冷酷的史密斯带领，他们掌握着令人震惊的秘密。
尼奥、默菲和特莱妮必须用他们的生命对抗强大的敌人来追寻答案、寻找自我。
他们每一步都是危机四伏......
